ÚOCHB

Skupina Ivy Pichové

Virové a mikrobiální proteiny
Vědecká skupina
Seniorská
BIO cluster

O naší skupině

Výzkum v naší laboratoři se zaměřuje hlavně na funkční a strukturní studie klíčových proteinů viru hepatitidy B a mykobakterií a jejich interakce s buněčnými proteiny, dále pak na proteiny patogenních kvasinek a ve spolupráci s chemickými ekology také na enzymy zapojené v biosyntéze hmyzích feromonů.

Výzkumné projekty zahrnují proteinové inženýrství, purifikaci a charakterizaci proteinů, enzymologii, NMR a rentgenovou proteinovou strukturní analýzu, izolaci a analýzu komplexů buněčných a patogenních proteinů, škálu molekulárně biologických metod a elektronovou mikroskopickou analýzu. Naše úzká spolupráce s organickými chemiky umožňuje multioborový výzkum zaměřený na identifikaci a charakterizaci enzymů zapojených do metabolizmu léčiv a testování potenciálních inhibitorů.

Skupina je členem Výzkumného centra Gilead Science & ÚOCHB, projektů NPU 1 a OPVVV.

image
Desaturase specificity is controlled by the physicochemical properties of a single amino acid residue in the substrate binding tunnel
Desaturase specificity is controlled by the physicochemical properties of a single amino acid residue in the substrate binding tunnel
Computational and Structural Biotechnology Journal 18: 1202-1209 (2020)
Membrane fatty acyl desaturases (mFAD) are ubiquitous enzymes in eukaryotes. They introduce double bonds into fatty acids (FAs), producing structurally diverse unsaturated FAs which serve as membrane lipid components or precursors of signaling molecules. The mechanisms controlling enzymatic specificity and selectivity of desaturation are, however, poorly understood. We found that the physicochemical properties, particularly side chain volume, of a single amino acid (aa) residue in insect mFADs (Lepidoptera: Bombyx mori and Manduca sexta) control the desaturation products. Molecular dynamics simulations of systems comprising wild-type or mutant mFADs with fatty acyl-CoA substrates revealed that the single aa substitution likely directs the outcome of the desaturation reaction by modulating the distance between substrate fatty acyl carbon atoms and active center metal ions. These findings, as well as our methodology combining mFAD mutational screening with molecular dynamics simulations…
Toll-like receptor dual-acting agonists are potent inducers of PBMC-produced cytokines that inhibit hepatitis B virus production in primary human hepatocytes
V. Janovec J. Hodek K. Clarová T. Hofman
P. Dostalík
J. Froněk
J. Chlupáč
L. Chaperot
S. Durand
T. F. Baumert
I. Pichová B. Lubyová I. Hirsch J. Weber
Scientific Reports 10: 12767 (2020)
Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Is Dispensable for Mycobacterium smegmatis Viability
Journal of Bacteriology 202 (5): e00710-19 (2020)
Hepatitis B Core Protein Is Post-Translationally Modified through K29-Linked Ubiquitination
Cells 9 (12): 2547 (2020)